剩余的织田军并未进行抵抗，四个地区全部被联军占领。
但随后，华军四个战斗群（三个陆军加海军）突然开进大坂，占据大坂的一向宗全部头目均被逮捕，其下属武装力量被缴械。
剩余的一向宗信众随即爆发 夏叛乱，一向宗重要盟友毛利辉元向冯三虎求情，希望能够赦免一向宗众人，并且把大坂还给一向宗，作为交换，他愿意让华夏在织田领地上任选三国占领。
冯三虎对毛利辉元的提议感到十分不解，他不明白毛利为什么认为华军占领扶桑的土地需要得到他的同意。
因此冯三虎拒绝赦免一向宗主要领导人物，十一月初十，没有经过任何审判，所有被华军逮拿的一向宗中高层领导人物全部被处决。
此事引发了华军与其扶桑盟友的直接对立，毛利军、龙造寺军、长宗我部军以及岛津军放弃继续进攻，近五万大军与盘踞在大坂、堺港、淡路三角地区的华军形成对峙。
扶桑的战况再一次急转弯，在织田军内乱之后，联军内部同样迅速形成分裂，华军与扶桑联军之间的战斗一触即发。
十一月十二日到十三日，羽柴军与明治军在天王山附近的山崎一代爆发决战，占据绝对兵力优势的织田旧臣取得胜利，十一月十五，织田叛臣明智光秀切腹自杀。
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另一方面，联军的对峙仍在继续，扶桑军五万人对大坂、堺港一带进行事实包围，同时拒绝继续为冯三虎部队提供粮草和劳力补给。
与此同时，另外大约两万扶桑军悄悄包围封锁了华夏租借地长崎。
联军中的扶桑大名之首毛利辉元秘密与羽柴秀吉联络，双方似乎已有暂时停战，各自先解决自己的前盟友的意向。
理论上，织田内乱至此应该结束了，但事实当然不会如此简单。
由于织田信长和其长子均已死亡，讨伐明智光秀之后的织田军又迅速分裂为拥立织田信长嫡长孙织田秀信的羽柴秀吉、丹羽长秀、池田恒兴派和拥立织田信长三子织田信孝的柴田胜家、泷川一益派。
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